Kérdés:
Mi a skála a HOMER metagének számára?
bioinform_noob
2017-06-07 08:39:26 UTC
view on stackexchange narkive permalink

A HOMER segítségével megpróbálok metagénprofilt készíteni a géntestek felett az általam létrehozott bedgraph fájl segítségével. A probléma az, hogy valahányszor nagyon furcsa méretezést kapok az y tengelyen. Az átlagos értékeket a géntesten 5-10-es nagyságrendűre kellene kapnom, ehelyett azonban 0,03-0,05 vagy annál kisebb nagyságrendű értékeket kell kapnom. Az a furcsa, hogy amikor nem használok metagén szkriptet, vagy ha nem használok hisztogramot a -size megadott értékkel, akkor teljesen normális értékeket kapok - de sajnos nem ezt akarom a metagén profilhoz.

Mit hiányolok?

Egy válasz:
bioinform_noob
2017-06-07 11:15:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Rájöttem! Mindenki számára, aki megtalálja ezt a szálat a jövőben, és kíváncsi arra, hogy mi történik: A HOMER a -size megadott opció használatakor normalizálja az y tengelyt az intervallumokban lévő alappárok számához - ebben az esetben a géntest. A "nyers" értékek megszerzéséhez, ahogy szerettem volna, meg kell szorozni a géntest hosszával a normalizálás "visszavonásához".



Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 3.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...