Hogyan készítsünk egy BAM fejlécfájlt htslib-el a C ++ nyelven?

SmallChess

2017-09-04 12:54:45 UTC

view on stackexchange narkive permalink

A C ++ programmal szeretnék új BAM fájlt programszerűen előállítani. Ez egy példa arra, hogyan lehet a htslib használatával új BCF fájlt generálni menet közben.

https://github.com/samtools/htslib/blob/develop/test/test -bcf-translate.c

A két fő funkció a következő:

bcf_hdr_append
bcf_hdr_add_sample

Most, amikor a SAM / BAM funkciók fejlécfájljához navigálok:

https: //github.com/samtools/htslib/blob/develop/htslib/sam.h

Az egyetlen "függelék" funkció a bam_aux_append . De ez az opcionális mezőkre vonatkozik.

Kérdéseim:

Adva egy bam_hdr_t fejlécet (esetleg üres), hogyan lehet új kromoszóma-referenciát hozzáadni? (Például vegyen fel egy új chrAB-t a BAM fájlba.)
Ha nem üres bam_hdr_t * fejlécet adunk, hogyan lehet eltávolítani a kromoszómát? (Például távolítsa el a chr4 fájlt a BAM fejlécéből)

Példakódom:

  // Üres BAM fejléc, semmi benne bam_hdr_t * hdr = bam_hdr_init () ; // Szeretnék hozzáadni egy új szintetikus `chrAB'-t a fejléchez, hogyan?

FIGYELEM, ez hajlamos a hibára!

Erősen óvatosságra intem, hogy nagyon óvatos legyen ennek során. Ne feledje, hogy az a kromoszóma, amelyhez a bejegyzéseket leképezik, valójában maguk sem tárolódnak az igazítási bejegyzésekben. Inkább egyszerűen indexelnek a hdr->target_name , amely helyet takarít meg. t Fejléceket hozzáadva / eltávolítva egy BAM fájlból / abba igazításokkal, akkor a megfelelő igazítás megőrzése érdekében módosítania kell az összes igazítást: a kromoszóma asszociációk. Ellenkező esetben teljesen haszontalan eredményeket érhet el (ez ugyanaz a figyelmeztetés, mint a samtools reheader esetében).