Kérdés:
Kézzel definiálja a klasztereket Seurat-ban és meghatározza a marker géneket
Nikita Vlasenko
2018-05-08 03:20:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Két sejtcsoportot szeretnék meghatározni az adatkészletemben, és meg akarok találni olyan marker géneket, amelyek specifikusak az egyikre és a másikra. Van erre mód a Seurat -ban? Tegyük fel, hogy ha két részhalmazt hozok létre az SubsetData függvény által, van-e mód arra, hogy betápláljuk őket valamilyen más függvénybe, amely kiszámítaná a marker géneket? Ha nem, milyen csomagokat javasolna ehhez?

Ha ide tekint:

https://satijalab.org/seurat/seurat_clustering_tutorial_part2.html

Csak arra van szükségem, hogy megadjam magam a ident -ot, a szintek számát (2), és minden cellához hozzárendeljek számokat (0, 1), majd futtatom a DE a 0 és az 1 klaszterek között, ami nyilvánvaló, hogy ezt követően hogyan kell csinálni.

Egy kapcsolódó kérdésre válaszoltak a [github] oldalon (https://github.com/satijalab/seurat/issues/285). Csak alternatív hivatkozásként az alábbi kiváló válaszokra)
Kettő válaszokat:
plat
2018-05-08 12:46:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Úgy gondolom, hogy a FindAllMarkers függvényt szeretné keresni a Seurat -ból. Ahogy mondtad, csak meg kell adnod a ident -ot, amelynek egy tábla felépítésével kell rendelkeznie (cellanevek névként és cluster értékként): 

  pident = as.factor (fürtök) nevek (pident) = cellNames object1 @ ident = pident

Ezután futtassa a FindAllMarkers függvényt: 

  FindAllMarkers (objektum1, min.pct = 0,25, min.diff.pct = 0,25)

Több paramétert is megadhat ebben a függvényben (a végrehajtandó DE típusa, kifejezési küszöbértékek) stb.).

Peter
2018-05-15 20:49:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

A Seurat rendelkezik a metaadatok hozzáadására és az identitások beállítására szolgáló funkciókkal. Szerezzen egyedi cellaneveket: 

  cell.labels <- seuratobject @ ident

Cserélje az oszlopot és annak nevét a fürtcímkéire ( pl.), majd: 

  seuratobject <- AddMetaData (seuratobject, metadata = cell.labels) seuratobject <- SetAllIdent (seuratobject, id = 'yourclusterlabels')

Mivel két fürtöt akar szembeállítani egymással, javaslom a FindMarkers () használatát a FindAllMarkers():

  FindMarkers (object, ident.1, ident.2)

Összehasonlíthatja a fürtök kombinációit is.



ⓘ
Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 4.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...