Kérdés:
Hogyan adhatok ki egy identitásmátrixot a progresszív Mauve-ban?
JaredL
2017-05-29 05:01:03 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Most kezdem a Mauve igazítót, és kissé hiányosnak találom a dokumentációt. A parancssorból a progressiveMauve eszközt használom, és egy identitásmátrix fájlt szeretnék kiadni. Az alapértelmezés szerint létrehozott kimeneti fájlkészlet a progressiveMauve --output = outfile számára a outfile , outfile.backbone és output.bbcols .

Az eszköz dokumentációja felsorol egy --input-id-mátrix beállítást, de úgy tűnik, hogy ennek nincs hatás. A kimeneti fájlok dokumentációs oldala ugyan leír egy identitásmátrix fájlt, de nem mond semmit a létrehozásának módjáról.

Kettő válaszokat:
Amar
2017-06-01 16:52:11 UTC
view on stackexchange narkive permalink

a mályva színű dokumentáció hasonló parancsot tartalmaz, de a használat --id-matrix = <file> . Tehát nagyon hasonló a progressivemauveuve parancshoz (csak nem tartalmazza a --input). Próbáld ki, és nézd meg, működik-e.

Azt hiszem, ez egy hiba biztos, mivel a Biostar-on keresztül más emberek panaszkodtak.

mgalardini
2017-08-31 14:18:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Úgy tűnik, hogy a --input-id-mátrix opció nem a várt módon működik, amire Amar rámutatott.

Kipróbáltam a következő parancsot:

  ./progressiveMauve genome1.fasta genome2.fasta genome3.fasta --output = test > test.log  

És láttam a következő bitek a test.log -ban (csonkítva):

  [...] Genommegőrzési távolságmátrix: 0 0,0767545 0,1874540,0767545 0 0,1933850,188454 0,193385 0 ...] genomtartalom távolságmátrix: 0 0.0767545 0.1874540.0767545 0 0.1933850.187454 0.193385 0 bp távolság mátrix: 0.9 0.0125 0.0750.0125 0.9 0.03750.075 0.0375 0.9 [...]  

A három táblázat bármelyike ​​tartalmazhatja a keresett információkat?

ps félre, ha egy teljes genom-hasonlósági mátrix megszerzésének módját vizsgálja, érdemes megvizsgálnia a cefrét vagy a forrást.



Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 3.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...