Kérdés:
Alacsony komplexitású régió ez emberi genomunkban?
SmallChess
2018-01-09 12:36:32 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Van egy képernyőképem, ahol sok olvasmányom egy olyan régióhoz volt igazítva, amelyről gyanítom, hogy alacsony komplexitású régió. Bár nem látja, mindazok az olvasmányok be vannak vágva a szivar húrjaiban. Minta szivar húrok: 64S32M29S, 74S32M18S stb ... Következésképpen a genomhoz leképezett tényleges szekvencia kevesebb , mint az olvasási hossz.

egy olyan érzés, hogy a bonyolultság és a nyírás miatt hamisak az igazításaim, de nem vagyok biztos benne, hogy a komplexitás valóban alacsony-e. Csak annyit látok, hogy néhány "T" egy csomó "A" között van. Hogyan lehet meghatározni az alacsony komplexitású régiót?

K: Ez egy alacsony komplexitású régió az emberi hg38 genomban? Ez igazságos lenne, ha azt jelenteném, hogy " az igazítások valószínűleg hibák az alacsony bonyolultság és az igazítás vágása miatt "?

enter image description here

Kettő válaszokat:
Devon Ryan
2018-01-09 13:51:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Igen, ez egy rövid, alacsony komplexitású régió, amely be van ékelve a SINE és az snRNS közé. Ennél is fontosabb, hogy az igazításainak MAPQ értéke 0 (ezért vannak kitöltve fehérrel az IGV-ben), ami akkor történik, ha egyformán jól térképeznek több helyre. Anélkül, hogy megnéznénk a sorrendet, egyedül ezt használhatjuk annak megállapítására, hogy ezek nem megbízható leképezések.

Ó, nem tudtam a fehér jelentésű MAPQ = 0-ról. Nagyon hasznos!
gringer
2018-01-09 13:54:54 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Igen, ez egy alacsony komplexitású régió.

A régiók akkor tekinthetők alacsony komplexitásúnak (vagy egyszerű szekvenciájúaknak), ha rengeteg egyetlen bázist tartalmaznak, vagy rengeteg rövid tandem ismétlődést tartalmaznak. A legegyszerűbb az egyetlen bázis tandem ismétlése (pl. AAAAAAAAAAAAAAAAA ), amelyet homopolimernek is neveznek. Az Ön esetében van egy 3 egységes tandem ismétlés a TAAAAA -ról és az As-ról (néhány összekevert Ts-vel). Ennek a régiónak a genetikai előzményeitől függően előfordulhat, hogy a többi As és Ts ugyanabból a TAAAAA egységből származik, némi csúszással, ami a replikáció során történt, hogy egy rejtélyes (azaz nem tökéletes) ) ismételje meg a szerkezetet.



ⓘ
Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 3.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...