Az Ensembl génazonosítók konvertálása Entrez génazonosítókká a biomarton keresztül

floatingpurr

2017-09-06 15:54:04 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Nos, megpróbálom átalakítani az Ensembl Gene ID-k által hivatkozott emberi gének listáját Entrez Gene ID-kké. Azt tanácsoltam, hogy használjam a biomart alkalmazást.

Igyekeztem egyfajta konverziós táblázatot készíteni az összes emberi génről. Nem tudom, hogy hibásak-e a beállításaim, de nem találtam jelölőnégyzetet az Entrez génazonosítóhoz az Attribútumok > Külső hivatkozások részben. Most találtam meg az Entrez átirat nevének azonosítóját (lásd alább), de nem erre van szükségem.

Hogyan használhatom biomart egy ilyen konverzióhoz?

Szerkesztés:

~~a videó bemutatója szerint Az EntrezGene azonosítónak a biomart egyik opciójának kell lennie (lásd az alábbi képernyőképet).~~

Ez a videojáték elavult.

Ez a bemutató 8 éves.

Igen, @Emily_Ensembl. Sajnálom, egy régi dokumentációs oldalról kaptam:)

könyvtár (biomaRt) mart <- useDataset ("hsapiens_gene_ensembl", useMart ("ensembl")) gének használatával <- getBM (szűrők = "ensembl_gene_id", attribútumok = c ("ensembl_gene_id", "entrezgene"), értékek = ensembl.genes, mart = mart)