Kérdés:
Mi a különbség a VCF 4.1 és 4.2 változata között?
blmoore
2017-06-01 16:15:56 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Melyek a legfontosabb különbségek a VCF 4.1 és 4.2 verziói között? Úgy tűnik, hogy a v4.3 tartalmaz egy változásnaplót (a specifikációk itt elérhetők), de a korábbi specifikációk nem.

Ez a biostar bejegyzés rámutat az egyik különbségre: a Number = R bevezetése olyan mezőkhöz, amelyek allélenként egy értékkel rendelkeznek, beleértve a REF-et is - felsorolhatja-e bárki a másikat változások e két verzió között?

Egy válasz:
Iakov Davydov
2017-06-01 16:40:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ezt könnyű ellenőrizni, mindkét specifikációt letöltheti .tex formátumban, és megadhatja a diff.

V4.2 változások a v4.1 verzióhoz képest:

  1. Információs mező formátuma: a forrás és a verzió hozzáadása ajánlott mezőként.
  2. Az INFO mezőben minden lehetséges allél egy értéke lehet (kód R ).
  3. Az összes ## INFO, ## FORMAT, ## FILTER és ## ALT metainformáció esetén az alapértelmezett mezők után extra mezők is felvehetők.
  4. Alternate base (ALT) tartalmazhat * : hiányzik a upstream törlés miatt.
  5. Minőségi pontszámok, egy mondat eltávolítva: Magas QUAL pontszámok jelzik a magas bizalmi hívásokat. Bár hagyományosan az emberek egész phred-pontszámokat használnak, ez a mező megengedett lebegőpont, hogy szükség esetén nagyobb felbontást biztosítson az alacsony megbízhatóságú hívásokhoz.
  6. A példák kissé megváltoztak.
    7. ol>
Nyers különbségtétel a specifikációs fájlok ellen elég ostobának tűnik, ideális esetben dokumentált különbségek vannak valahol, de köszönöm, hogy összefoglalta ezt!
Érdemes lenne összehasonlítást generálni a 4.3-mal is


ⓘ
Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 3.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...