A gyors (de megbízható) elemzéshez a Kallisto vagy a Lazac használatát ajánlom az izoforma leolvasási mennyiségének számszerűsítésére a laboratóriumi törzs transzkripciójával.

Ha aggályai vannak a mintában szereplő, de a laboratóriumi törzsben nem szereplő átiratokkal kapcsolatban, két Trinity összeállítást hajthat végre: egy teljesen de-novo , és egy genomvezérelt. Ezeket az átiratokat ezután referenciakészletként lehet használni a Kallisto / Salmon számára, és a laboratóriumi törzs eredményeihez képest megszámlálják őket. Vegye figyelembe, hogy a Szentháromság-összeállítások csak azokra a bizonyos környezetekre vonatkoznak, amelyek a mintáiban vannak; ha egy átirat nincs kifejezve, akkor az nem lesz az összeállításban.

A de-novo összeállításban található olyan átiratok, amelyek nincsenek a genom által vezérelt összeállításban, potenciálisan regény a törzsedre. Ennek értelmezésére azonban ügyelni kell: ha más szennyeződés van a mintában, akkor azokat a szennyeződési átiratokat is összeállítják.

Nem túl ismerem az annotációs csővezetékeket, de egy pár alapján a Twitter-bejegyzések közül úgy tűnik, hogy a Prokka ésszerű kezdet lehet. Torsten Seeman (a Prokka vezető fejlesztője) bejegyzést írt az alternatív annotációs csővezetékekről:

http://thegenomefactory.blogspot.co.nz/2013/03/bacterial-genome-annotation-systems .html