Kérdés:
Mi az ICGC normalizált_olvasott_szám?
Gregor Sturm
2018-01-08 16:05:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Letöltöttem a génexpressziós adatokat ( exp_seq ) az ICGC fájlböngészőből.

Az egyes minták és gének esetében a fájl tartalmaz egy normalized_read_count -ot.

Mi ez az érték? Nem találtam információt az ICGC webhelyén. Az értékek egyértelműen túl alacsonyak a TPM számára.

Egy válasz:
Gregor Sturm
2018-01-10 20:57:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Azzal, hogy ezt a szálat olvastam a seqanswers-en, és összehasonlítottam az adatokat a TCGA-val, rájöttem, hogy

  • raw_read_count az olvasott szám bemenetként használjuk pl DESeq2 . Becslése az RSEM
  • normalized_read_count használatával egyenértékű a TCGA scaled_estimate -jával. Ez az RSEM által becsült adott gén által alkotott átiratok becsült hányada . Ha ezt az értéket megszorozzuk 1e6-tal, megkapjuk a TPM-et.
Örülök, hogy te magad is megtalálhatod! Nagyon köszönöm a válasz elküldését


ⓘ
Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 3.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...