Kétlem, hacsak nem azt kérdezi, hogy a térképezés minden centromérushoz hasonlóan rossz lenne-e. Íme néhány ismétlődő struktúra (valószínűleg nem centromerikus), amelyeket a nanopórusokban találtam: a nanopórus-WGS konzorcium által létrehozott NA12878 "emberi" mintához:
Ezek a struktúrák következetesek, mivel sokszor megismétlődnek, de a belső minták meglehetősen eltérőek lehetnek. Íme még néhány:
Tekintettel arra, hogy a centromereknek egyedileg kapcsolódniuk kell egyetlen kromoszómához, számomra lenne értelme, ha a centromér belső szerkezete minden kromoszómán egyedi.
Lehetséges, hogy nagyon ismétlődő struktúrák legyenek, amelyek nem jelennek meg egymással. Noha nem mélyedtem el mélyen az emberi olvasmányok között, megnéztem az öt legjobban összenyomható régiót egy összerakott rágcsáló-parazita ( Nippostrongylus brasiliensis ) genomban, és nem találtam belső hasonlóságot közöttük:
Az illuminai összeszerelés egyik kérdése az, hogy ezek a nagyon ismétlődő régiók egyetlen ismétléssé (vagy legjobb esetben) összeomlanak a fragmens hosszának kétszereséig terjedő régió). A 98% feletti azonosságú belső ismétlő egységeknél a valódi szekvencia összeállítása nagyon nehéz, még a páros olvasási elválasztás pontos ismerete mellett is. Még ha ez lehetséges is lehet, lehetetlen helyesen elhelyezni az olvasmányt, mert több belső egység azonos lehet (vagy hasonlóan különbözhet) a szekvenált olvasattól.